Sur l'origine et l'évolution continue du SRAS-CoV-2

Résumé
L'épidémie de SRAS-CoV-2 a commencé fin décembre 2019 à Wuhan, en Chine, et a depuis touché une grande partie de la Chine et a soulevé une préoccupation mondiale majeure. Ici, nous avons étudié l'étendue de la divergence moléculaire entre le SRAS-CoV-2 et d'autres coronavirus apparentés. Bien que nous ayons trouvé seulement 4% de variabilité des nucléotides génomiques entre le SRAS-CoV-2 et un coronavirus lié au SRAS de la chauve-souris (SARSr-CoV; RaTG13), la différence aux sites neutres était de 17%, ce qui suggère que la divergence entre les deux virus est beaucoup plus grande que prévu. Nos résultats suggèrent que le développement de nouvelles variations des sites fonctionnels dans le domaine de liaison aux récepteurs (RBD) de la pointe observée dans le SRAS-CoV-2 et les virus du SARP-CoVs du pangolin sont probablement causés par des mutations et la sélection naturelle en plus de la recombinaison. Les analyses génétiques des populations de 103 génomes du SRAS-CoV-2 ont indiqué que ces virus ont évolué en deux types principaux (désignés L et S), qui sont bien définis par deux SNP différents qui montrent une liaison presque complète entre les souches virales séquencées à ce jour. Bien que le type L (∼70%) soit plus répandu que le type S (∼30%), le type S s'est avéré être la version ancestrale. Alors que le type L était plus répandu dans les premiers stades de l'épidémie à Wuhan, la fréquence du type L a diminué après début janvier 2020. L'intervention humaine peut avoir exercé une pression sélective plus sévère sur le type L, qui pourrait être plus agressive et se propager plus vite. En revanche, le type S, qui est évolutivement plus ancien et moins agressif, pourrait avoir augmenté en fréquence relative en raison d'une pression sélective relativement plus faible. Ces résultats soutiennent fortement le besoin urgent de poursuivre des études approfondies immédiates qui combinent des données génomiques, des données épidémiologiques et des enregistrements de graphiques des symptômes cliniques des patients atteints de coronavirus 2019 (COVID-19).

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